Директивы php_flag отвечают за настройки параметров register_globals и magic_quotes_gpc. Если сервер настроен верно, то необходимости в них нет.
 
Код надо положить в корень сервера, а Вы, судя по всему, положили его в /upload
либо переменная $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] имеет некорректное значение, но это менее вероятно.