Долго размышлял как же быть с нумерацией версий. В каких случаях какую из цифр менять?
Пробовал разные варианты, но в последнее время, глядя на темпы смены версий ФФ и хрома, возникла следующая мысль:
X.Y.ZZZ
где
ZZZ - номер ревизии. Он меняется при каждом изменении кода
Y - минорный номер версии. Меняется при серьезных изменениях (изменение структуры БД, конвертация или перенос данных и т.п.)
X - номер стабильной версии. Увеличивается при выпуске стабильного релиза.
 
Так что, скорее всего, в дальнейшем буду придерживаться именно этой схемы.

Более информативно, если знать структуру версии. И более логично.

А по какому принципу нумерация строилась прежде?

Раньше был чистой воды волюнтаризм
Поначалу при формировании номера версии не учитывался номер ревизии, поэтому номер содержал то три значения, то два. Менялись они при необходимости или по личному усмотрению.